# Package(s): tree-puzzle # Package priority: optional Description: [Biology] Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood TREE-PUZZLE (the new name for PUZZLE) is an interactive console program that implements a fast tree search algorithm, quartet puzzling, that allows analysis of large data sets and automatically assigns estimations of support to each internal branch. TREE-PUZZLE also computes pairwise maximum likelihood distances as well as branch lengths for user specified trees. Branch lengths can also be calculated under the clock-assumption. In addition, TREE-PUZZLE offers a novel method, likelihood mapping, to investigate the support of a hypothesized internal branch without computing an overall tree and to visualize the phylogenetic content of a sequence alignment. Description-ja: [生物学] 系統樹を類似性が最大になるように再構成する TREE-PUZZLE (以前の名前は PUZZLE) は対話的なコンソールプログラムで、 高速なツリー探索と quartet puzzling を実装しています。これにより 巨大なデータセットの解析と、各内部ブランチへのサポート推定値を 自動的に割り当てます。また TREE-PUZZLE は、ユーザが指定したブランチ に対して、ペアごとの最大類似距離や枝の長さを計算します。枝の長さは clock 仮定の下でも計算できます。さらに TREE-PUZZLE は、新たな手法で ある類似度マッピングを備えており、仮説的な内部ブランチのサポートを ツリー全体を計算せずに調べます。そしてシーケンス配列の系統的な内容 を視覚化します。 # Package(s): njplot # Package priority: optional Description: [Biology] A tree drawing program NJplot is able to draw any binary tree expressed in the standard phylogenetic tree format (e.g., the format used by the Phylip package). NJplot is especially convenient for rooting the unrooted trees obtained from parsimony, distance or maximum likelihood tree-building methods. Description-ja: [生物学] ツリー描画プログラム NJplot は標準的な系統樹のフォーマット (つまり Phylip パッケージで 用いられるフォーマット) で記述された二分木を描画することができます。 NJplot は節減、距離、最大類似ツリー構成法などで得られた、根のない ツリーを接ぎ木するのに特に便利です。